Dažādas sterilizācijas metodes tiek izvēlētas, pamatojoties uz dažādu endoskopisko instrumentu un to sastāvdaļu veiktspēju, kā arī instrumenta ražotāja sniegto attiecīgo informāciju. ,
1. Augstspiediena tvaika sterilizācija: visi endoskopiskie ķirurģiskie instrumenti, kurus var apstrādāt ar autoklāvu, jāsterilizē ar augstspiediena palīdzību.
2. Etilēnoksīds: Etilēna oksīdam ir spēcīga sterilizācijas spēja, plaši izplatīta sterilizācija, tas nesabojā priekšmetus un tam ir spēcīga iespiešanās spēja. Nav piemērots augstspiediena tvaika izmantošana endoskopisko lēcu, kameru, gaismas avotu staru, elektrokoagulācijas vadu uc sterilizēšanai. Ar šo metodi var sterilizēt visus.
3. 2% glutaraldehīda mērcēšana: izmanto endoskopisko instrumentu iegremdēšanas sterilizācijai. To nepieciešams mērcēt 10 stundas. Mērcēšanas laikā instrumenta savienojumi ir jāatver un lūmenis jāpiepilda ar mērcēšanas šķidrumu. Atlikušais zāļu šķīdums pirms lietošanas atkārtoti jāizskalo ar sterilu ūdeni.
4. Medicīniskā sterilizatora sterilizācija.
